冷凍式干燥機應安裝在環境溫度為2-45℃，四周通風良好，空氣潔凈的建筑物內；特別是避免空氣中含有腐蝕類成份（如氨）。當室內機房通風條件不良時，需在機房內安裝換氣排風設備。
冷干機與空壓機之間至少有4-5米的距離，以防止空壓機產生的振動影響冷干機正常運行。
風冷型冷干機的進風口與墻體距離1.5m以上，兩臺干燥機的進風口與排風口不能面對面。冷干機四周應留有一定的空間，以方便維修和日常維護。
真空冷凍干燥機的詳細使用方法如下：
一：標準型
1)將樣品放入料盤中，然后將料盤放入凍干架中，放置并固定樣品溫度傳感器，將凍干架放入冷阱中，蓋上保溫蓋進行預凍，預凍至樣品完全凍結并保存一段時間。
2)從冷阱中取出預凍材料托盤和凍干架，將支撐托盤放在冷阱口上方，將凍干架放在支撐托盤上，用玻璃罩蓋住。
3)擰緊充氣閥，點擊屏幕上的“真空表”按鈕，屏幕顯示真空度為110kpa，然后點擊“真空泵”按鈕啟動真空泵。真空度迅速下降，小于等于10Pa為正常。
他們的區別是冷干機是通過冷媒壓縮機冷凝水蒸氣，之后再將空氣回溫來達到降低相對濕度的目的；過濾器是通過濾芯精密的空間網狀結構濾除固體塵埃和液體的水分、油滴顆粒。水冷式超低溫真空冷凍干燥機對環境溫度不敏感，不過它對冷卻水的要求更高，但水冷式的安裝較風冷式復雜；冷凍干燥就是將含水物質，先凍結成固態，而后使其中的水分從固態升華成氣態，以除去水分而保存物質的方法。
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